Бэм предлагает разделять стили на компоненты, я если делаю верстку - делю и на секции, и на компоненты, медиазапросы в файле компоненты у каждого свои соответственно, Кто-то делает иначе. Также есть как минимум два подхода- десктоп ферст и мобайл ферст, десктоп - ты делаешь от наибольшей ширины к наименьшей медиа квери запросы, мобайл - наоборот. Разделять стили на десктоп и мобилку будет не очень удобно( для меня лично, да и думаю для тебя), лучше уже в одном файле это делать