В целом MariaDB развивается быстрее и имеет больше возможностей. Эти возможности касаются оптимизации, улучшения работы с памятью, и много другого. Обычно, со временем, эти возможности переносятся в MySQL. Например, та же поддержка GIS появилась в MariaDB раньше, чем в MySQL. Среди прочего MariaDB имеет множество улучшений производительности Inodb, MyISAM и движка обработки запросов, поддерживает GIS, ликвидацию таблиц, виртуальные и динамические колонки, репликацию с несколькими источниками, роли и многое другое.
Но у MariaDB есть и свои минусы, она не поддерживает некоторые возможности, которые есть в MySQL. А именно, MariaDB несовместима с синтаксисом JSON MySQL, не поддерживаются плагины ngram, MeCab, MySQL X, а также пространства таблиц, которые позволяют присваивать данные нескольким таблицам одновременно. Но разработчики активно работают над исправлением недостатков.
(2017)