ну тут надо разбирать в чем разница между переменными окружения и конфигами. Что для чего и когда используется
Returns the value of configuration parameter Par for Application. If the application argument is omitted, it defaults to the application of the calling process.
На самом деле это очень дискуссионный вопрос. Дефолтные настройки, я считаю, должны лежать в конфиге. А то что пользователь может менять - во внешнем хранилище. Имхо. Ну и я за rpm/deb + конфиг в etc.