Пограничного контроля нет, но сотрудники авиакомпании прямо на гейте в Греции спрашивали паспорт и ВНЖ (летел в сентябре). При мне греческую пару с дитем развернули. Не знаю, что у них было не так в документах, мужик по-гречески общался с сотрудниками, но в самолет их так и не посадили. Не знаю, как бы прокатило отсутствие европейского ВНЖ при наличии греческой визы.
В НЛ никто не проверял, но это было два месяца назад, тогда и с российского рейса не проверяли.