Инвентаризовать, ранжировать, затем что-то заменить, что-то переписать, что-то оставить на Windows (в терминальном сеансе или на реальной машине). Зависит от доли использующих, уникальности решаемых задач, позиции вендора и стоимости замены. Задача слишком общая, чтобы дать конкретное решение.