не использовать монгу там где её не место. Любая реляционку лучше монги когда вы не работаете с бигдата или нетепизированными данными. Хотя в последнем даже монга не лучший выбор.
Вот именно, json-поля есть уже везде, смысла в монге нет никакого, только сложности из-за отсутствия SQL