Ок, понятно. Это я уже видел. Похоже всё сводится к тому, что надо просто хеш от всего файла считать как "сумму" хешей его кусков. Т.е. если у нас сразу доступен весь файл целиком, то надо его "виртуально" порезать на куски известного размера, посчитать их хеши потом их скобинировать.
Самое простое и устойчивое к коллизиям - сконкатенировать эти хеши. Чуть менее устойчивое к коллизиям решение - посчитать хеш от сконкатенированного результата.