Имел опыт настройка Windows embedde которые работали тоже на терминалах. В чем конкретно сложность? Какая версия Windows CE ?
Настройки непосредственно бредмауэра? Версия: Windows CE 5.0. По мануалам Майкрософта он управляется через реестр. Но конкретных примеров правил разрешись/запретить порт не нашёл