У меня на одной из прошлых работ так и было. В договоре был прописан минимум документов. А если заказчик просил какой-то ещё документ, менеджер шел ко мне, просил оценить трудоемкость и в зависимости от этого выставлял цену заказчику. Если заказчик говорил ок, то я садился делать документ.
На проектах внедрения да, отдельный вид работ. Ролевые инструкции для пользователей, специфический для их инфраструктуры регламент администрирования и прочее