Если срок выполнения работ уже истек, то пени вы обязаны начислять автоматически. Взыскивать уже по решению Заказчика. Но в данном случае вы обязаны взыскать пени и штрафы с Генподрядчика перед заключением ДС. Это обязательное основание при применении п. 9ч 1 ст. 95. Обстоятельства независящие от сторон может сделать только проектировщик, который и указывает срок требуемый для внесения в ПСД и можно сказать это как раз тот срок на который вы можете продлится, либо на свое усмотрение, но тогда нужно доказывать почему продлились больше срока предусмотренного проектировщиком.