1) Вы можете настроить прозрачность почти всех элементов.
2) Те которые настраиваются не в теме, а ресурсах, для них придётся делать отдельный апк.
Я просто смотрю на kate mobile, разраб давно реализовал одним АПК вместе с клиентом, и работает стабильно без проблем е несколько