Это в главной активити или у каждого фрагмента?
Я не знаю как у вас в приложении устроена навигация, так что неизвестно.
Но если вы не будете убирать навигатор из роутера после onPause, у вас будут пытаться выполняться транзакции фрагментов после onPause, а это запрещено и приводит к эксепшену что вы показали выше.