Весной 2017 года
Министерство транспорта РФ подвело предварительные итоги эксплуатации самолёта, после чего в прессе появились утверждения, что средний суточный налёт эксплуатируемых в России машин из-за проблем с поставкой запчастей меньше, чем у иностранных конкурентов[122]. По данным производителя, к июню 2017 года регулярность вылетов (dispatch reliability) самолёта достигала 97,85 %[123], но средний налёт Sukhoi Superjet 100 в России на 2018 год составил 3,6 часа в сутки (близкий по вместимости
Embraer E170 на 78 кресел в компании
S7 — 6 часов в сутки, Embraer E-190 на 110 кресел в
Pegas Fly — 10 ч в сутки)[124]. Причиной малого налёта эксперты называют нехватку и длительные сроки поставки запчастей, а также проблемы с двигателем. По опыту эксплуатации выяснилось, что «горячей» части двигателя французского производства плановый ремонт необходим после наработки 1000-4000 часов вместо заявленных 7500-8000 часов[125][126][127].
Некоторые авиакомпании заявляют об убытках, вызванных эксплуатацией самолёта, и о желании отказаться от него. В 2016 году авиакомпания
Red Wings Airlines отказалась от самолётов Sukhoi Superjet 100 по причине высокой себестоимости перевозки (в расчёте на одно пассажирское кресло)[128]. В ноябре 2017 генеральный директор мексиканской авиакомпании «
Interjet» Хосе Луи Гарза сообщил о проблемах с двигателями
SaM146, с запчастями и обслуживанием. Четыре лайнера, приобретённые в 2013—2015 годах, выведены из эксплуатации для пополнения склада запасных частей[129]. В марте 2019 года «
Interjet» объявила, что рассматривает возможность отказа от них из-за низкого качества послепродажного обслуживания[130].
В августе 2018 авиакомпания «
Якутия» уведомила о проблемах в графике летнего сезона из-за нехватки двигателей в силу высокой стоимости и продолжительности их ремонта. Из восьми двигателей полностью рабочими являлись два[131].
В ноябре 2018 года авиакомпания «
Brussels Airlines» отказалась от самолётов Sukhoi Superjet 100 по причине частых отказов и отсутствия перевода ряда руководств по эксплуатации с русского языка[132]. Позднее, в феврале 2019 года, авиакомпания CityJet также отказалась использовать Sukhoi Superjet 100 (причина отказа не разглашается)[133].
В мае 2019 года российская
РусЛайн отказалась от переговоров от приобретения в лизинг 18 самолётов SSJ 100 из-за репутационных рисков: в компании опасались, что после катастрофы пассажиры не будут летать на самолётах SSJ 100, что затянет сроки окупаемости самолётов[134].
Авиакомпания «
Ямал» в июле 2019 года сообщила в своём отчёте, что половина её самолётов SSJ100 не эксплуатируется из-за дефектов[135]: