практика показывает, что самые умные люди зачастую идут по самому сложному пути, минуя элементарные.. :)))))
Ну смотрите: если малина подключена к плате по USB, то плата питается от малины и не отключается. Если развязать плату и малину, допустим подключив по uart в разъем для wifi модуля, то при выключенной плате клиппер не даст дергать gpio малины через свой api, не смотря на то, что настроены два mcu.