Нет. Babystepping это аналог "покрутить вал Z рукой". Его значение нигде не учитывается, он просто отправляет драйверу нужное количество импульсов и забывает про это. Можно включить режим, когда не забывает, а изменяет z offset сразу. Тогда как ты сказал, до перезагрузки, если не сохранил.