У вас значения для экструдера стоят абсолютные. Т.е. он начинает с 0 и заканчивает на значении ХХ метров на последнем слое. Смотрите, 40-вой слой у вас закончился командой G1 F1200 E2029.63698. Т.е. позиция экструдера у вас в этом мест 2029.63698 мм. А на 41-вом слое, у вас в первой же команде G1 F1200 E2978.25158. Т.е. он должен переместиться экструдером на 2978.25158 - 2029.63698 = 948,6146 мм. Вообще прошивка должна была это ограничить и выпасть в ошибку. Из-за чего это произошло понятно - вы вырезали все движения, где позиция плавно увеличивалась. Если вам непременно нужно это исправить руками, просто вставьте команду установки нужной позиции для экструдера (G92 E2978.25158) перед 41-м слоем. Если сопло по X и Y находится в нужном месте, должно сработать. Только перемещение по Z добавьте на новый слой.