Вообще удобнее всего не скачивать, а клонировать. Делаешь git clone себе. Создаёшь свою ветку и вносишь изменения в неё. Когда есть какие-то обновления, делаешь git pull основной ветки и merge в твою ветку. Git видит, что твоя ветка из основной и в большинстве случаев автоматически применяет изменения, сохранив при этом твои правки. Это удобнее, чем каждый раз руками это делать.