@Sergey_Terentiev ,
В общем я откатывался по-одному апдейту и дошел до
commit 3358523c707da299430b6e3357b28bc248583882
Date: Tue Jun 8 13:59:22 2021 +0300
Custom menu
В котором и флешка и передача по вайфай работают стабильно.
Насколько понял, то после этой версии, марлин стал использовать прямой функционал STM32, типа прерываний, и сборка уже идет с другими либами. Вот отсюда и начинаются пляски с передачей и флешкой.