Размер компании никак не влияет на причисление или не причисление к числу субъектов КИИ. Формально надо удовлетворять определению субъекта КИИ, приведённого в 187-ФЗ, т. е. иметь ИС/ИТС/АСУ из ряда сфер (ну или как позиционирует регулятор, осуществлять деятельность хотя бы в одной из этих сфер).
Другой момент, что Вы можете просто не подавать перечень ОКИИ, подлежащих категорированию, в ФСТЭК...
раз нет письма, значит и суда нет?)