У госорганизаций может быть право вещного права. Например, пользования, аренды и иные. Регистрация прав в Росреестре на недвижимость и материальных объектов.
Информационные системы как объект собственности в Росреестре не регистрируются.

Если объекты КИИ выраженные в виде материальных вещей - кабельные системы, сервера, коммуникационное оборудование, даже ЛВС обычно поставлены на учет в гос.организациях, то информационные системы не часто. Такие существуют только на бумаге, обрастают НПА и ОРД. По факту расходы списываются на вещь материально и учетно не существующую. И, соответственно, прав каких либо оформленных не бывает.
В части учета НМА могут быть учтены, но права не оформляются. В традиционном понимании. Должна быть регистрация в виде интеллектуальной собственности, в случае, если есть желание.
В итоге, в основной массе ИС КИИ не существуют как объект учета и регистрации

должно быть "правообладатель"

Должно быть "субъект КИИ" :) "Правообладатель" - это обладатель какого именно права?

Есть право собственности и иные вещные права объектов недвижимости, движимого имущества, земельных участков, долей в УК. В части информационных систем такие права не регистрируются

Однозначно вопрос по определению субъекта КИИ в части ГИС решается только в двух случаях: 1. В Распоряжении о создании ГИС прямо указан ОИВ, осуществляющий права собственника от лица субъекта Федерации. 2. Эта ГИС целиком стоит на бухгалтерском балансе какого то ОИВ.

Ну не регистрируются, и что с того? Записи в реестрах - не единственный источник сведений о том, кому принадлежит объект КИИ

Проблема в том, что вообще нет таких источников.

это важный момент, вопрос распределения ответственности

Вы обсуждали вполне конкретный случай - МИС Волгоградской области. Там в нормативном акте четко написано, кому эта МИС передана в оперативное управление.

А если копнуть, то вспомнятся реорганизации с передачей оборудования и прав. Где права еще и не переданы корректно.

Очень часто ГИС не стоит на балансе учреждений. Чтобы появилась учетная единица нужно приобретение НМА по КОСГУ 320 - приобретение. Прием-передача тоже с такого же КОСГУ

причем здесь  оперативное управление ?

Оперативное управление - это  одно из законных оснований, определяющих принадлежность объекта субъекту.

в таком случае, должны быть хотя бы 2 документа: свидетельство / выписка права собственности, 2) решение закрепления представителя собственника. Так как договора оперативного управления обычно не бывает

Учреждение, которому имущество передано в оперативное управление, является владельцем этого имущества (ст. 296 ГК РФ)

если такое имущество есть. Т.е. он должен быть учетной бухгалтерской единицей

И что?

Того чего нет, нельзя передать в оперативное управление, поставить инв.№ и указать стоимости. На них не могут тратиться деньги на содержание