Вобщем если так,то в правом меню программы выберите именно конфиг файл из папки прошивки и потом уже внесите в него нужные изменения и компилируйте. Никаких предупреждений не должно быть. Вы в Атоме делаете все?
На рабочем столе ничего нет ! А что такое Атом ? Программа ? Может попробовать в ней собрать прошивку ?