Netfabb или Blender ты бы посоветовал?
Я делаю так: stl во фьюжн, там вокруг этой модели строю свои тела-болванки, которые будут обрезать модель. После чего загружаю модель и болванки в блендер и применяю к ним булевое пересечение. Выгружаю результат: профит!