Потому что на оси Z два мотора и они подключены каждый к своему драйверу, и в марлине настроено #define NUM_Z_STEPPER_DRIVERS 2 , а экструдер один (E0). Вот марлин и берёт первый свободный драйвер для дублирования Z - E1
У меня на SKR2 тоже для Z два разъёма, но они просто подключены к одному драйверу. А мне надо отдельный драйвер на отдельный мотор Z, вот в таком случае и прописал в марлине #define NUM_Z_STEPPER_DRIVERS 2 и вторым драйвером стал E1