Если проблема именно в плане управления экструдером (программная), то мотор Z, подключённый в E1 при NUM_Z_STEPPER_DRIVERS 2 должен работать. Я у себя так сделал дублирование мотора Z, т.к. у меня два мотора Z и я хотел, чтобы каждый был подключен к своему драйверу.