IPIP не позволяет передавать нечего кроме IP протокола, GRE позволяет поместить в него любой протокол.
У IPIP немножко меньше накладные расходы, нет GRE заголовка.
Больше не каких различий нет, для Mikrotik.
У больших брендов бывает аппаратная обработка туннельных протоколов, там может быть разница в производительности инкапсуляции/декапсуляции и так далее.