Странно, такой проблемы не наблюдаю, правда BMR не использую у себя, но повторюсь, с обычными Hyper-V ВМ, что на 2012 р2, что на 2016 сервере и БД MS SQL 2014 проблем с долгим бекапом нету. Единственная проблема с которой я столнулся, это дикое использование памяти, но это решилось установкой последнего CU для Windows Server 2016.