Я очистил дубликаты в таблице справочнике, почему такая ошибка может быть?:
На самом деле там дубликаты есть (пробелы, непечатные символы) Power Query не распознает такие дубликаты а Power BI "как бы убирает", соответственно видит дубликаты. Я вопрос решил выгрузив данные для справочника в Excel, удалил дубликаты и подгрузил справочник без дубликатов используя файл Excel.