Можно, конечно. Даже предпочтительно, если вы данные грузите из БД, преобразовывать их на уровне SQL, чтобы в PBI иметь уже чистую витрину.

Ошибка в источнике данныхColumn 'Идентификатор подключенного аккаунта' in Table 'AMO Дополнительные параметры компаний' contains a duplicate value '<pii>цифрыномераккаунта</pii>'
and this is not allowed for columns on the one side of a many-to-one relationship or for columns that are used as the primary key of a table. Table: AMO Дополнительные параметры компаний.
URI кластераWABI-WEST-EUROPE-D-PRIMARY-redirect.analysis.windows.net
Идентификатор действия3556191b-9bc9-47bf-96fe-5e8419072389
Идентификатор запроса7442287a-a9fe-4b19-9792-2a450a23808f
Время2020-06-22 03:28:51Z
внезапно ошибка появилась при обновлении

Как?

Опишите, пожалуйста, то, в какой форме данные имеются на текущий момент, и к чему хотите прийти.
+ укажите вашу СУБД

Формально список ID, который приходит из другого источника.
Есть другой запрос в sql в таблицу с 2ММ строк. Но данные оттуда грузятся через where in (....) *Перечисляются эти id через запятую. Пришла мысль как-то автоматмзировать этот процесс, чтобы при обновлении он дёргал актуальный список сам, а не я иногда его руки правил.

Способ только один - он же оптимальный, и его Вы уже используете.
Только вот локальный файл обновлять не надо, он никак не связан с тем, что Вы уже выгрузили в облако.  Power BI Service стучится напрямую к Вашему мускуль серверу через шлюз

принято

Оптимизация самого запроса. Кстати, если много строк исторических данных, то можно слушать таблицу с данными до какой-то даты и не обновлять ее. Стелать таблицу с данными от даты  и только ее обновлять. В даксе делать union

Шлюз ставится только на Винду, и, насколько я помню, только 64-битовую
и да, ставить шлюз на тот же сервак, на котором у Вас лежат данные для отчёта - плохая идея :)

Запрос будет намного быстрее обрабатываться, но модель данных может быть замедленна ( в плане работы в десктопе, пользователь в аебе или Экселе не заметит даже)

База MS SQL
А список прилетает из Эксель файла в шарике

А какие права у вас в этой БД, в которой 2мм строк?
Я бы настроил загрузку этого списка ID в эту базу в какую-нибудь табличку, а дальше бы создал представление, в котором бы и написал условие

where id in (...)

Для MS SQL и Excel-файла в шаре можно сделать линкед сервер, через который данные и будут читаться.

where id in (...)

Права макс

ну вот, тогда супер всё.
Делаете линкед сервер, через него читаете Excel (можно сразу через него определять этот список Id, можно натсроить загрузку из него в табличку, а в запросе использовать уже данные из таблички)

Когда sql отбирает с in select, то делает это очень долго. Если ему передать просто список, то делает это очень быстро

Для визуализации "ТАБЛИЦА" можно как то применить фильтр топ 10 по числовому полю например?

Это вопрос к плану запроса уже)

Ну запрос простой, как тапок

Помимо where in есть конструкция
Inner join
или
where exists

Просто .... Where in (select uid from table)