Как вариант, чтобы понять куда копать, создайте файл с 0, подключитесь к источнику, закачайте все таблицы, которые есть в текущем файле БЕЗ ЛЮБЫХ ПРЕОБРАЗОВАНИЙ В PQ и протестируйте скорость обновления, если пару мин- копайте в преобразованиях, если немного только быстрее - проблемы в источнике