rsync и md5 это не велосипед и не ИЛИ, а И.
Файлы будут жить и после копирования и их нужно контролировать дальше.
Я, может, чего-то не понимаю, но зачем "контролировать" файлы? Тем более вручную, а не с помощью ФС с поддержкой контрольных сумм. Допустим, есть у вас n файлов с резервными копиями за последние n дней, и рассчитанные md5 к ним. В ходе (очередной?) проверки вы обнаружили, что у одного файла сумма не сходится. И что теперь?