Вы когда из РФ вылетать будете, сообщите на регистрации, что у вас дальше рейс на Самуи. Если у компании есть соглашение, то ваш багаж автоматом перекинут на рейс до Самуи и сразу выдадут посадочный талон, т.е. вы пройдёте через транзитную зону. Такое уже в 2016 году было
Дело не только в соглашении, а в том, покупались ли билеты сразу вместе или поотдельности. Аэрофлот имеет соглашение с бангкок аирвейс, но если покупать отдельно билет аэрофлота и отдельно бангкока аирвей (чаще так дешевле выходит) - придется получать багаж в БКК и идти на регистрацию следующего рейса. В этом, в принципе нет проблем никаких, если взяли запас времени часа 2 на пересадку. А если куплен единый билет РФ-Самуи с пересадкой в БКК - тогда через транзитную зону пройти и все.