μTorrent, начиная с версии 1.8.1, стал поддерживать протокол обмена μTP (Micro Transport Protocol). Полноценная работа протокола возможна при работе с версией μTorrent 2.0. Работа μTP между μTorrent 1.8.x невозможна.
μTP — транспортный протокол с контролем доставки (подобно TCP) на основе протокола UDP. От TCP отличается другим контролем за переполнением, который реагирует раньше, чем соответствующий алгоритм в TCP. Таким образом, при увеличении загрузки канала μTP первым замедляется и отдаёт канал другим приложениям. При использовании TCP канал распределялся равномерно по соединениям, а поскольку у P2P программ обычно существенно больше соединений, чем у других, они просто забирали под себя практически весь канал, увеличивая пинг и делая работу других приложений медленной.
μTP предназначен для более быстрого скачивания, так как работает по протоколу UDP, в котором обмен данными происходит быстрее, чем через протокол TCP. Ускорение достигается за счёт того, что торрент-клиент берёт на себя выполнение нужных функций, отсутствующих в UDP, например, клиент перепроверяет целостность данных и, если блок неверен, скачивает его заново.
Провайдерам сложнее блокировать передачу данных через μTP благодаря тому, что UDP пакеты протокола μTP похожи на трафик, формируемый (к примеру) сетевыми играми. Трафик p2p, передаваемый по TCP, часто блокируется или урезается по сигнатурам. Но на настоящее время (начало 2015 года) разработаны относительно надёжные методики выявления трафика μTP вне зависимости от переменных полей в пакетах протокола