Транспортный агент - это код, который можно встроить в транспортный поток на определенное событие (получение события, разрешение получателей и и т.д.). Так можно получить доступ к сообщению и производить с ним практически любые действия -
https://docs.microsoft.com/en-us/exchange/transport-agents-exchange-2013-help так работают транспортные правила, антивирусные агенты, системы добавления disclaimer'ов. Для написания вам понадобится разработчик, который умеет кодить на C# и понимает, как в принципе работает транспорт и основы работы с постой в Exchange в принципе. После обновления .net вам придется агента перекомпилировать и обновлять, т.к. компилируется он под конкретную версию .net. В отличие от Exchange 2010 в новых версиях хотя бы нет жесткой зависимости от SP (CU). Так что если у вас нет нормальных кодеров и поддержки от MS, к которой можно было бы обратиться с вопросами, я бы не стала заморачиваться. Купить платное ПО дешевле обойдется, если штатные средства не устраивают
