Я про вот это вчера написал текст, сегодня выложил, можно начинать осуждать
1) вообще 1 делом нужно составить схему папок и подпапок и какие отделы/сотрудники должны в них входить, потом удобнее будет настраивать
2) если скрипт в шедулере виндовом, то не как сервис, а как батч
3) права не скрипту выдавать, а учетки от которой скрипт запускается
4) для себя, так же и для админов филиала должна быть отдельная учетка с необходимыми им правами, и не придется себя куда-то добавлять потом если посмотреть надо будет что да как
как-то так, может что-то упустил)