Раздельная система гораздо сложнее.
Хозяйственно-бытовая канализация собирается одной системой трубопроводов (чем в Москве занимается Мосводоканал), а ливневая - совершенно другой системой, которая включает в себя и заключенные в трубы речки, типа Неглинки).
Такая система хороша тем, что фекалии и прочие бытовые стоки без очистки никак не могут попасть в водоемы, а плоха тем, что
а) Ливневые воды не помогают службам канализации прочищать трубы, поэтому Мосводоканал держит кучу бригад, которые этим занимаются
б) Эти самые многочисленные бригады не трогают сети водостока, которые к ним отношения не имеют, и тихо сами по себе гниют.