Регион способен оспорить экономически обоснованный тариф.
Тем более, когда в тарифе учтён подвижной состав перевозчика, а не РЖД (именно тут больше всего вопросов).
Но, как Вы правильно отметили, разницу компенсирует регион.
В данном случае Эксперимент - недополученная прибыль перевозчика, которая компенсируется Москвой.
У Москвы своя цель - разгрузить метро.
Именно поэтому инициатор таких акций - Москва.
Пример МЦД - яркое тому подтверждение.