У городов в Москве префектуры, если помню. У округов управы. Вот и вся разница. Но если взять обычные российские города, то в городе сейчас всегда глава мэр.
Здесь ещё потому, что области без столиц - если можно выразиться, децентрализованные) ЛО, МО, Крым исключение с Симферополем. Поэтому мэра было бы логично назначать МО, а тут губернатор. За весь регион без главного города.