Слушай, ну ты задачу описал капец как туманно. Я понимаю, что тебе нужно обнаружение каталогов - сделать JSON из списка.
Т.к. Zabbix всё равно не умеет список файлов в директории получать, предполагаю, что там уже есть какой-то скрипт, который генерит этот список, а значит проще расширить его так, чтобы он делал это в JSON формате.