я бы apscheduler просто запустил отдельным процессом
Ну по-факту сейчас он и запускается отдельно от executor'а. Только я теперь запутался как архитектурно правильно: внутри или снаружи. С одной стороны каждый сервис должен быть максимально независим (насколько это возможно), с другой стороны "а вот в примере у вас..." :)