Не вести остатки по материалам в amoCRM.
Интегрируйте МойСклад с amoCRM.
Создайте товары с нужными модификациями, оприходуйте, через приемку нужные товары, создавайте «Заказы» клиентов в МойСклад, который для этого предназначен и у вас будут корректные остатки по всем складам со всеми нужными документами, которые предназначены для ведения склада.
На каждую сделку в amoCRM, если клиент покупает у вашу услушу - создавайте заказ из карточки сделки в amoCRM.
amoCRM - это CRM в первую очередь, не нужно делать велосипед и городить «огород» с остатками, эфимерными складами в CRM через товары/списки и так далее.
Видео о нашем публичном виджете,
интеграции amoCRM и МойСклад: функциональной:
https://www.youtube.com/watch?v=_aWH7_P8qXE&t=2s