То есть смысла нет указывать одинаковые uses-permissions?
Правила мержа могут быть другие. Например, если в твоем манифесте нет пермишна на интернет, то из библиотек он не подтянется. Не уверен, что это так работает, но иначе при подключении ретрофита не нужно было бы указывать пермишн на интернет