была такая мысля, но это должен быть utf8,
https://www.base64decode.org/ декодит с настройкой utf8
пробовал ISO_8859_1 как на SO советуют, то же самое
сама строка энкодится стандартным методом node js (Buffer.toString('base64')), подумал мб внутри меняется кодировка если есть кириллица, полез в исходники ноды но там чет так все перекручено, хрен поймешь что к чему