Это да.
Но и тут есть решение: в инклуде корневой элемент должен быть merge, тогда все его элементы добавятся как есть в родительский лэйаут.
Другое дело, что это требует дополнительных телодвижений, а так же ограничивает такой инклуд использованием только в подходящих для него лэйаутах.
С другой стороны, если решили делать на CL + инклуды, то их структура должна это учитивать.
А с третьей стороны, есть еще custom view (в том числе из сторонних библиотек), у которых своя структура, есессно, не учитывающая нашу.
В общем, нужен разумный баланс :)