вообще пока что не особо понимаю что за чрут - надо бы побольше вики почитать
У тебя есть корневой каталог, который /, а есть например базовая система в другой папке. И чтобы изменить текущий корневой каталог можно использовать chroot
Например дебиан ты установил в другую директорию, и хочется с ним что-то сделать. Естественно можно всё ещё запустить из папки с дебианом исполняемый файл, но лучше будет чрутнуться