в rpm можно сделать пакет pulseeffects4-pulseaudio и в нем написать:
Obsoletes: pulseeffects < 4.9.9
Conflicts: pulseeffects < 4.9.9
Тогда существующие установки pulseeffects автоматически заменятся на pulseeffects4-pulseaudio
В debian, по-моему, аналога нет, там делают пакет-пустышку со старым именем, которая зависит отч его-либо.