Если не ошибаюсь, СОНО и многие другие гос проекты в то время стартовал епам. В их числе егов, кгд и вроде ещё несколько гос органов. Ощущение, что в то время проекты коррдинировались НИТом и у кого-то были очень выгодные предложения от IBM. От того и начали впихивать повсюду вебсферу и соответственно java.
Тут вопрос исторических причин, имхо: джава была не лучшим вариантом, но могли быть веские причины. Незнаю было ли известно тогда о калкан (Незнаю как называется имплементация ГОСТ алгоритмов, но пакеты вроде имеют это слово)