Насколько я знаю, в ЕЛ кабинет министерства которое выдает лицензию и кабинет заявителя лицензии являются единой платформой. Но это информация у меня 2015 года, возможно сейчас что и изменилось. В случае же услуг на egovе, за ШЭПом находится разного качества веб сервисы, и егов на эти веб сервисы влиять не может, так как владелец там министерство, а не НИТ. Думаю если бы был один владелец у всех систем, то качество этих систем было бы намног лучше