Почему в нем большой упор сделан на fpbx?
Потому что те, кто умеют поднимать КЦ на ванильном астере, на курсы не ходят)
А серьёзно - никаких особых выгод в ванильном нет, а есть геморрок.
Например, тот же Device and Users, который всегда в крупных КЦ используется, самому сделать красиво очень нетривиально.