Код ревью тебе:
1. Не нужно добавлять построчно в файл, добавляй сразу блоком через EOF, к чему это дрочево?
2. Нет нужды брать в одинарные кавычки числовые значения, можно сразу писать waittime=45
3. Не нужно копировать, а потом удалять файл, делай сразу mv
Ну и по проблеме, думается что проблема не в астере, а заббиксе, которые генерит еще парочку файлов. Проверить легко, добавь в своем скрипте запись в отдельный лог файл в режиме append время и номер, а потом посмотри, сколько будет записей и вызовов.
Так же для дебага можно использовать следующие параметры: