нет. если есть расхождение в файлах по таймингу, то sox склеет как есть. а как Игорь уже заметил у MixMonitor есть опция, которая "выравнивает" файлы. например если на 1 клиенте vad включен, то получатся два файла. в одном к примеру 60 сек. в другом 50 сек.